湖泊流域范圍內還要考慮氮磷綜合控制。就水體富營養化的氮磷控制來說，陸地淺水型湖泊水體藍、綠藻暴發的主要限制因素是磷酸鹽，而不是“三氮”。只有在水體磷濃度較高的情況下，總氮才會成為藻類嚴重暴發的重要影響因素。因此，磷的排放控制應該同時考慮，某些情況下甚至應放在首位。其次是BOD和氨氮等耗氧性污染物的進一步控制。在水體總磷濃度不能達到很低(0.01～0.02mg/L)的情況下，總氮的控制可以分階段實施。除磷與脫氮的順序應該怎樣選擇？有專家指出應先除磷，后脫氮。因為現在去除磷的技術比較便宜，去除總氮的技術投資大，運行受影響也大。對北方來說，氮磷兩個指標達到一定比例的時候才會發生水華，但是若其中一個很低，另一個很高，就不會發生水華。也就是說，當氮磷不成比例的時候，比如磷很低的時候，不會在富營養化方面對水體造成嚴重影響。所以，考慮經濟因素，應當首先除磷。在我國很多湖泊流域內早就開始對磷的污染提出控制，但主要是采取洗衣粉禁磷或實施污水處理廠除磷等點源控制措施。根據歐洲經驗，洗衣粉中的磷含量僅占流入地表水體總磷負荷的11％，其余分別來自人體排泄物和有機生活廢料(23％)、農業面源(49％)、工業排放(7％)和巖石侵蝕(10％)。這就是為什么太湖地區和滇池地區上世紀90年代末就實行了洗衣粉禁磷措施，但仍沒有使湖泊水體富營養化有明顯好轉的原因。因此，在湖泊流域范圍內開展氨氮減排的時候，建議考慮同步除磷，而且要全面控制磷污染，確保在氨氮污染排放得到控制的基礎上，更少地發生藻類暴發等湖泊污染事件。

　　控制農業面源污染是當務之急。在實施氨氮減排的過程中，要高度重視農業面源污染的控制。根據2007年全國污染源普查統計結果，雖然農業面源氨氮為31.4萬噸，只占全部氨氮排放量172.91萬噸的18.2％，但農業源總氮排放量為270.46萬噸，占全國總氮排放量472.89萬噸的57.2％。如果不考慮農業氨氮的減排，即使所有行業氨氮排放都達到10％的減排目標，對全部氨氮減排的貢獻率也只有8％，對總氮減排貢獻率只有3％。即使包括農業源在內氨氮排放都達到10％的減排目標，對全部總氮減排的貢獻率也只有3.6％。如果考慮部分氨氮減排的假象，即排放的污水中氨氮濃度下降了，但只是轉化為硝態氮而未真正從水體中去除氮等因素的影響，這對通過氨氮減排來改善水環境的目標又打了一個大折扣。因此，不對農業面源污染采取控制措施，純粹的氨氮減排對水體富營養化程度的改善究竟能產生多少效果，實在很難預測。同時，農業面源污染也是總磷的貢獻“大戶”。歐洲國家農業面源對水體磷的貢獻率為49％，我國2007年污普調查數據，總磷排放量28.47萬噸，占排放總量42.32萬噸的67.4％，不控制農業面源污染就難以控制總磷對水體富營養化的影響。農業源總氮排放中，種植業排放量為159.78萬噸，占農業源排放量的59％，畜禽養殖業為102.48萬噸，占38％。因此，控制農業面源污染，既要解決畜禽養殖污染問題，也要解決種植業面源污染問題。

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